Obecny kościół parafialny w Opatowcu został zbudowany przed 1470 r. Do XIX w. był własnością dominikanów.

Organy, z których do dziś zachował się późnomanierystyczny, pięciosiowy prospekt sekcji głównej z dodanymi wtórnie aneksami, będącymi reliktami pierwotnego pozytywu przedniego, zbudowane zostały ok. 1670 r. W tymże roku z Opatowca do Gidel (gdzie znajduje się również klasztor dominikanów) wezwano organmistrza Tomasza, który rozpoczął tam budowę nowego instrumentu. Był on też zapewne twórcą organów w Opatowcu. Instrument był przebudowywany w XVIII w. W 1825 r. na chórze w nawie głównej umieszczono pozytyw sprzed 1821 r., przeniesiony z Kaplicy Różańcowej, gdyż wielkie organy nie nadawały się do użytku z powodu złego stanu technicznego. W 1847 r. przeprowadzono remont tego pozytywu. Z inwentarza z tego roku pochodzi informacja, że organy miały 14 głosów i dwa miechy. W 1853 r. zostały wyremontowane, a pozytyw zwrócono do kaplicy na nowo zbudowany chór muzyczny (dziś już nieistniejący). W 1888 r. napisano o organach następująco: Organ wielki na Kościele o 12 głosach i dwóch miechach zwyczajnych. Niegdyś ten Organ posiadał pozytywek i głosy pedałowe ale dziś już nie istnieją.

Między 1892 a 1895 r. nowy instrument o 13 głosach, trakturze mechanicznej i wiatrownicach stożkowych zbudował Jan Szymański z Warszawy, lokując go w zachowanej szafie organowej. Zapewne wtedy usunięto z balustrady chóru dwudzielny pozytyw, jego człony umieszczając po bokach szafy organowej. W 1959 r. remont tego instumentu przeprowadził Wacław Biernacki. W ankiecie Ośrodka Dokumentacji Zabytków z 1971 r. zachowała się dyspozycja organów z tego czasu, niestety bez oznaczenia stopażu głosów i podziału na sekcje. Hipotetycznie rekonstruując ten podział, można przyjąć, że wyglądała ona następująco:

W 1978 r. organy przebudował Stanisław Wilewski z Nockowej. W ramach tych prac wykonano nowy miech i stół gry oraz zmieniono trakturę na pneumatyczną. 

Obecnie organy pozostają nieczynne od ok. 20 lat. Stół gry został odłączony, a klawiatura pedałowa zdemontowana.